中國科學院亞熱帶農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所（The Institute of Subtropical Agriculture, The Chinese Academy of Sciences.）的前身是中國科學院桃源農(nóng)業(yè)現(xiàn)代化研究所，成立于1978年6月19日，所址選在湖南省桃源縣城關(guān)鎮(zhèn)漁父路，第一任所長為著名土壤學家李慶逵院士。1979年從湖南省桃源縣遷至湖南省會長沙，并更名為中國科學院長沙農(nóng)業(yè)現(xiàn)代化研究所，所部位于湖南省長沙市芙蓉區(qū)遠大二路。2002年5月，研究所整體進入中國科學院知識創(chuàng)新工程試點序列，其學科方向調(diào)整為亞熱帶復(fù)合農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)生態(tài)學，2003年10月更名為中國科學院亞熱帶農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所。