10月20日至30日，中國科學(xué)院外國專家特聘研究員、來自西澳大學(xué)地球與環(huán)境學(xué)院的Andrew Whiteley教授率Deepak Kumaresan博士來中科院亞熱帶農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所開展外籍特聘研究員項目的合作研究、學(xué)術(shù)交流等工作。
訪問期間，Andrew與Deepak就土壤微生物生態(tài)學(xué)、微生物地理學(xué)、CH4排放的分子生物學(xué)機制等領(lǐng)域的最新研究進展與該所研究人員及青年骨干和研究生作了深入的交流和探討。并分別作了題為“MicroBlitz: One year on and what have we learned about Citizen Science and our environment?”與“Microbial life in Movile Cave (Romania) – an unusual cave ecosystem “Human pathogens in agricultural environments: risks and mitigation”的學(xué)術(shù)報告。報告內(nèi)容引起了參會人員的強烈興趣并展開熱烈討論，報告結(jié)束后，兩位專家為該所相關(guān)青年骨干、研究生開設(shè)了為期3天的“下一代環(huán)境（組）學(xué)數(shù)據(jù)的生物信息學(xué)（Bioinformatics for Next Generation Environmental data）”課程，課程內(nèi)容包括16S rRNA、功能基因、MG-RAST與IMG平臺的基因（組）分析方法等。同時，在課程過程中結(jié)合具體數(shù)據(jù)開展分析，并就實驗設(shè)計、論文撰寫、數(shù)據(jù)整理與分析等方面開展了詳細的討論，聽取了相關(guān)科研骨干、研究生的工作進展報告，并提出了報告建議與指導(dǎo)意見。
據(jù)悉，Andrew是該所2013年成立的中澳土壤生物系統(tǒng)聯(lián)合實驗室（ISA-CAS and UWA Joint Laboratory for Soil Systems Biology）澳方核心成員之一。Andrew與該所土壤生態(tài)過程研究團隊在土壤碳氮過程的微生物機制方面開展了實質(zhì)性的合作，目前相關(guān)的合作論文已經(jīng)投稿至Soil & Tillage Research、Frontiers in Microbiology期刊。Andrew的訪問對進一步提升該所土壤微生物生態(tài)學(xué)的研究水平起到了一定的積極作用。
Prof. Dr. Andrew Whiteley教授，西澳大學(xué)State’s newest Premier’s Fellow，他的研究主要圍繞陸地、海洋和極地環(huán)境微生物多樣性進行，應(yīng)用DNA編碼技術(shù)解析土壤微生物種群、建立“健康”和“退化”環(huán)境的分子微生物指紋圖譜。在進入西澳大學(xué)之前，他在牛津大學(xué)建立了國際著名分子生態(tài)學(xué)實驗室，率先開發(fā)了RNA穩(wěn)定同位素探針、“格里菲斯”DNA和RNA共提取方法等技術(shù)，奠定了商品化試劑盒和基于Raman的微生物細胞的顯微鏡技術(shù)的基礎(chǔ)。最近他負責(zé)了世界上第一個5km分辨率的國家尺度上的微生物多樣性圖譜，以及相關(guān)的土壤健康、環(huán)境因素和地理特征。同時，他還致力于研究環(huán)境DNA研究的民眾參與機制。在Nature等期刊發(fā)表了有關(guān)分子微生物生態(tài)學(xué)論文80多篇。文章引用超過5000多次，H指數(shù)為40，i指數(shù)(論文引用次數(shù)超過10次的)為72。
生物信息學(xué)課程實例培訓(xùn)